Наместник Александро-Невской лавры

Во время пребывания иеромонаха Софрония «по делам архиерейским» в Синоде на него обратили особое внимание. И когда преосвещенный Стефан представил Синоду ходатайство о необходимости пополнить братство Александре - Невского монастыря, то в числе 29 иноков, вызванных из разных монастырей России, был вызван в январе 1742 года и «иеромонах Софроний (Кристалевский) из Переяславского Архиерейского Дома». Год спустя, 1 января 1743 года, он был назначен казначеем монастыря. В этой должности иеромонах Софроний пробыл до 9 января 1745 года. 1 июня 1745 года «иеромонах Софроний был назначен , а в 1746 году, 11 марта, окончательно утвержден в должности наместника Александро-Невского монастыря, в которой оставался более 7-ми лет.
В помощники себе он вызвал своего земляка, уроженца г. Прилук, иеромонаха Синесия и поставил его строителем Ново - Сергиевской пустыни, приписанной к Александре - Невскому монастырю. С этого времени дружба этих двух подвижников - иеромонаха Софрония и иеромонаха Синесия - все более крепла в едином пастырском делании, они уже были неразлучны вплоть до своей кончины на Сибирской земле.
В эти годы святитель Софроний много трудов положил по благоустройству обители и по улучшению преподавания в находящейся при семинарии. Совместно с настоятелем, архиепископом Феодосием, он заботился о должном укомплектовании монастырской библиотеки.
При нем была построена двухэтажная церковь: верхняя во имя святого Феодора Ярославича, старшего брата Александра Невского, а нижняя во имя святого Иоанна Златоуста. В 1750 году святитель Софроний участвовал в переложении святых мощей благоверного князя Александра Невского в новую серебряную раку. В то время из Александро - Невского монастыря нередко откомандировывались во флот иеромонахи для духовного окормления на военных кораблях, несомненно, что в этих обстоятельствах большая ответственность ложилась на наместника - иеромонаха Софрония. Он же был ответственным и за прием «разных духовных и светских гостей», которых немало было и из - за рубежа. Судя по документам из архива монастыря, и эти обязанности он выполнял и выполнял прекрасно. При этом было решено, что святой Софроний будет совершать богослужения в архиерейском саккосе, тогда как его предшественники совершали богослужение в фелони.
В этой почётной должности наместника Свято-Троицкой Александро-Невской Лавры Софронийробыл 11 лет, в течение которых авторитет его, как человека строгой жизни, отличного управителя монастырём и блестящего проповедника, вырос так высоко, что это был любимый и знаменитый архимандрит у Царского Двора.