Киевская духовная академия . Монашество

По достижении школьного возраста Стефан поступил в Киевскую духовную академию. В то время там проходили обучение два других будущих святителя - Иоасаф, епископ Белгородский (1705 --1754), и Павел, митрополит Тобольский (1705 - 1770). Киевская академия совмещала тогда в себе курсы низшего, среднего и высшего образования и славилась большой ученостью. В первой половине XVIII века все духовные учебные заведения России получали своих наставников, а епархии - своих архиереев, преимущественно из этой школы. Этой учености приобщился здесь и будущий сибирский Святитель, о чем свидетельствует его дальнейшая пастырская деятельность.
Получив образование, Стефан поступил в Красногорский Преображенский монастырь, где уже подвизался его старший брат. 23 апреля 1730 года он облекся в ангельский образ с именем Софроний, в честь святителя Софрония, патриарха Иерусалимского.

В ночь после пострижения в монашество инок Софроний услышал в Покровском храме голос «Когда будешь епископом, построй храм во имя всех святых», предуказавший его будущее служение. Через два года. В 1732 году его вызвали в Киев, где в Софийском соборе он был хиротанисан, то есть посвящен проживавшим там Коринфским митрополитом Митрофаном в сан иеродиакона, а потом - иеромонаха. Будущий святитель продолжил монашеское послушание в своем монастыре. Об этом и последующем периоде жизни святителя Софрония в его формуляре говорится следующее: «…и после посвящения в оном Золтоношском монастыре казначеем был два года, а потом взят по указу Переяславской епархии преосвященного Арсения Берлова в дом его архиерейский, в котором был экономом восемь лет по взятие в Александроневский монастырь».
Проходя послушание у правящего архиерея в Переяславле, он часто уединялся в свой монастырь, проводя дни в безмолвном созерцании и труде, являясь примером иноческого делания для своих собратьев.